Os efeitos do ozônio sobre o metabolismo também é uma conseqüência do poder oxidante do ozônio. Nenhuma deterioração de fruta costuma ser observada, mas a razão disto é que o ozônio somente afeta a superfície das mesmas, onde compostos de difícil oxidação estão presentes na maioria dos casos.
Durante a estocagem, o processo de respiração das frutas é acelerado, o mesmo acontecendo com o amadurecimento. No caso de um amadurecimento mais rápido do que o desejado, etileno é produzido o que afeta as outras frutas (efeito dominó) e inicia um amadurecimento ainda mais rápido.
Os sinais externos deste processo são manchas de cor amarelo escuro ou marrom na superfície das frutas e o amolecimento, resultando daí o apodrecimento. Este processo é controlado pela presença de ozônio porque ele oxida os produtos metabólicos criados inicialmente, reduzindo, portanto, a ação acima descrita sobre as outras frutas. Ainda mais, os pontos de deterioração são fechados e cria-se uma resistência contra infecções futuras.